Dibangun 1906, diresmikan 1907. Mulanya bernama BOEN TJHIANG SOE berlokasi di Kapasan Dalam. Atas saran Kang Yu Wei yang datang ke Surabaya pada 1904, kelenteng khusus Konghuchu ini dipindahkan ke Jalan Kapasan.
BOEN BIO terkenal karena menjadi pusat perjuangan umat Konghuchu pada masa Orde Baru agar diakui sebagai agama resmi. Setelah Orde Baru tumbang, Konghuchu kembali diakui sebagai agama keenam.
Pada era revolusi, BOEN BIO juga menjadi tempat pengungsian penduduk. Konon, pernah ada bom yang dijatuhkan di dekat kelenteng, tapi tidak jadi meledak. Aktivitas BOEN BIO selalu padat sejak dulu. Mulai sekolah minggu, kebaktian Minggu (anak dan dewasa), akupunktur, hingga bakti sosial.